A missão da ESGA é dividida: 

- Supervisão Ambiental das obras e verificação de todos os cuidados previstos nos Programas de Controle Ambiental (PCA), contido no contrato das construtoras de obras rodoviárias e verificação do seu cumprimento; Entre eles: 
• Programa de Segurança e Saúde da Mão-de-Obra;
• Programa de Redução do Desconforto e Acidentes na Fase de Obras;
• Programa de Controle de Processos Erosivos;
• Programa de Recuperação de Áreas Degradadas;
• Programa de Paisagismo;
• Programa de Recuperação de Passivos Ambientais;
• Programa de Melhoria das Travessias Urbanas;
• Programa de Controle de Material Particulado, Gases e Ruídos;
• Programa de Proteção à Fauna e à Flora;
• Programa de Monitoramento Ambiental.

- Gerenciamento dos programas setoriais contidos no Programa Básico Ambiental (PBA) executados ou em execução por diversas entidades. São eles:
• Programa de Desapropriação - SC - Sotepa - executado;
• Programa de Desapropriação - RS - Convênio CENTRAN - executado;
• Programa de Reassentamento da População de Baixa Renda - SC - não executado - sem público alvo em SC e executado no RS;
• Programa de Apoio às Comunidades Indígenas  em execução - Convênio com FUNAI;
• Programa de Proteção ao Patrimônio Artístico, Cultural e Arqueológico - em execução Convênio FAEPESUL em SC e no RS executado pela PUC/RS;
• Programa de Transportes de Produtos Perigosos - SC - em execução em SC;
• Programa de Transportes de Produtos Perigosos - RS - a ser executado;
• Programa de Proteção à Fauna e à Flora - Convênio CENTRAN executado e em execução atual pela UFSC;
• Programa de Ordenamento Territorial - SC – em execução convênio CODESC em SC e METROPLAN no RS;
• Programa de Compensação para Unidades de Conservação - em execução com as Prefeituras Municipais de Terra de areia e Osório no RS e Maracajá e Palhoça em SC;
• Programa de Gestão Ambiental;
• Programa do Complexo Lagunar Sul de SC - executado convênio ABES/SC;
• Programa de Apoio a Comunidade Quilombola de Morro Alto/RS em execução UFRGS;

- Interação Social
• Programa de Comunicação Social;
• Programa de Educação Ambiental.